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miRNA在細胞分化、生物發育及疾病發生發展過程中發揮巨大作用，越來越多的引起研究人員的關注。
新一代測序技術很快就能幫助我們解決很多問題：到底存在多少種miRNA？這些miRNA是怎么產生的？它們的生物學功能是什么？這些miRNA調控機制又是如何被調控的？多種miRNA的5’端或3’端會被修飾，那么現有的測序技術能夠應付細胞里所有的miRNA分子嗎？
不過我們依舊面臨巨大的挑戰——弄清楚RNA結合蛋白是如何影響miRAN干擾途徑最終的調控結果的。這是因為細胞內的RNA通常都是以與各種蛋白質相結合的方式存在的。這些蛋白可以調控基因表達。比如，我們借助結合了免疫沉淀技術和高通量測序技術的體內全基因組技術（genome-wide in vivo approache）來研究蛋白質-mRNA相互作用，并找出與RNP復合體相互結合后能抑制基因表達的mRNA上的結合位點。
RNA沉默途徑中活性和特異性的變動也會令基因表達出現定量和定性突變，從而形成一套全新的基因表達調控網絡。這種變動會影響多個過程，甚至包括人類進化過程。由于所有的脊椎動物幾乎都有同樣數目的編碼基因，因此我們很難從這個方面進行判斷。與其它的哺乳動物不同，人類大腦在出生后還會以胎兒期的生長速度繼續發育，因此人體大腦是我們研究發育時期出現突變的絕佳材料。很多人都想知道，如果我們改變了大腦的發育速度是否會讓人類進化成另一個新物種。
另一方面，盡管miRNA的研究還非常年輕，但是可以使用它來進行治療的疾病卻非常廣泛。其中，包括了帕金森氏癥、肌萎縮側索硬化癥（Lou Gehrig’s disease）、艾滋病、滲出性老年性黃斑變性、II型糖尿病、肥胖癥、高膽固醇血癥、類風濕性關節炎、呼吸系統疾病以及腫瘤等等。
隨著對于miRNA作用機理的進一步的深入研究，以及利用最新的例如miRNA芯片等高通量的技術手段對于miRNA和疾病之間的關系進行研究，將會使人們對于高等真核生物基因表達調控的網絡理解提高到一個新的水平。這也將使miRNA可能成為疾病診斷的新的生物學標記，還可能使得這一分子成為藥靶，或是模擬這一分子進行新藥研發，這將可能會給人類疾病的治療提供一種新的手段。
不過，就目前來說，我們依然存在很多阻礙miRNA研究走向臨床的問題。如果不解決miRNA分子遞送途經的安全問題、療效問題以及可靠性問題，我們就無法使miRNA治療技術真正造?；颊?。在這個問題上，使用全身給藥法進行靶向遞送，開發新型的非侵入式成像方法（如，近紅外燃料對小RNA分子進行標記的方法來監測體內miRNA分子的遞送情況），也將會非常有幫助。這樣，我們就能及時掌握組織器官對藥物的攝取情況以及藥物的生物分布情況。