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長鏈非編碼RNA（Long non-coding RNA，lncRNA）是一類本身不編碼蛋白，長度在200-100000 nt之間的RNA分子。它可在多層面上（表觀遺傳調控、轉錄調控以及轉錄后調控等）調控基因的表達。lncRNA最初被認為是RNA聚合酶II轉錄的副產物，是一種“噪音”，不具有生物學功能。研究表面，lncRNA參與了X染色體沉默、染色體修飾和基因組修飾、轉錄激活、轉錄干擾、核內運輸等過程，其調控作用正在被越來越多的人研究。
LncRNA可分為五類：Antisense lncRNA（反義長非編碼RNA），Intronic transcript （內含子非編碼RNA），Large intergenic noncoding RNA（lincRNA），Promoter-associated lncRNA（啟動子相關lncRNA）以及UTR associated lncRNA（非翻譯區lncRNA）。
哺乳動物蛋白編碼基因占總RNA的1%，長鏈非編碼RNA占總RNA的比例可達4%-9%，這些長鏈非編碼RNA是基因功能研究的又一座寶庫。目前發現的許多lncRNA都具有保守的二級結構，一定的剪切形式以及亞細胞定位。它們在基因組上相對于蛋白編碼基因的位置，可以分為5種：正義鏈（sense）、反義鏈（antisense）、雙向（bidirectional）、內含子間（intronic）、基因間（intergenic），其所在的位置與其功能有一定的相關性。
圖1 不同位置lncRNA示意圖
LncRNA具有以下特點：
1 lncRNAs通常較長，具有mRNA樣結構，經過剪接，具有polyA尾巴與啟動子結構，分化過程中有動態的表達與不同的剪接方式。
2 有組織特異性與時空特異性，不同組織之間的lncRNA表達量不同，同一組織或器官在不同生長階段，其中的lncRNA表達量也會變化。
3 調控多樣性，lncRNA可從染色質重塑、轉錄調控及轉錄后加工等多種層面實現對基因表達的調控。lncRNAs啟動子同樣可以結合轉錄因子，如Oct3/4，Nanog, CREB, Sp1, c-myc, Sox2與p53，局部染色質組蛋白同樣具有特征性的修飾方式與結構特征。
4 序列上保守性較低，只有約12%的lncRNA可在人類之外的其它生物中找到。
5 在腫瘤與其他疾病中有特征性的表達方式。