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    實驗常見問題

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    結果分析

    對于一幅ChIP-qPCR實驗結果Figure,應包含位點作用示意圖、qPCR結果數據分析圖,并應在Supplement中補充相關的驗證性實驗圖片,具體如下圖所示。

    ChIP model figure

         Figure A:

          未處理組(Mock)與處理組(Treat)RNA聚合酶II分別與目的基因啟動子調控區域A區域、D區域、G區域的結合。處理后RNA聚合酶II與A區域、G區域結合明顯增加,D區域結合情況未有明顯變化。

    ChIP model figure A


          Figure B:

          未處理組(Mock)與處理組(Treat)轉錄因子1(TF1)分別與目的基因啟動子調控區域A區域、B區域、C區域、D區域、E區域、F區域、G區域、H區域、I區域的結合情況比較。未處理組(Mock):轉錄因子1(TF1)與目的基因啟動子調控區域A、B、G、H有結合,但與D、E、I區域有不明顯的少量結合,且與C、F組不結合。處理組(Treat):轉錄因子1(TF1)與目的基因啟動子調控區域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結合,且與A、B、G、H區域的結合經處理后明顯的大量提升,且原本不結合的C、F區域處理后有少量結合,對D、E、I區域的結合情況無明顯改變。

    ChIP model figure B


          Figure C:

          未處理組(Mock)與處理組(Treat)轉錄因子2(TF2)分別與目的基因啟動子調控區域A區域、B區域、C區域、D區域、E區域、F區域、G區域、H區域、I區域的結合情況。未處理組(Mock):轉錄因子2(TF2)與目的基因啟動子調控區域G、H有明顯結合,與A、B、C、I區域有少量的結合,且與D、F組不結合。處理組(Treat):轉錄因子2(TF2)與目的基因啟動子調控區域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結合,且與A、B、G、H區域的結合經處理后明顯的大量提升,且與C、I區域的結合經處理后也有提升,與且原本不結合的D、F區域處理后有少量結合,對E區域的結合情況無改變。

    ChIP model figure C


          Figure D:

          未處理組(Mock)與處理組(Treat)轉錄因子2(TF2)分別與目的基因啟動子調控區域Chr1.3q4(1號染色體3q4座位)的區域:A區域、B區域、C區域、D區域、E區域、F區域、G區域、H區域、I區域的結合情況。未處理組(Mock):H3K7Ac(3號組蛋白7號賴氨酸位點乙?;揎椀鞍祝┡c目的基因啟動子調控區域A,B C G、H有明顯結合,與D、E、F、I區域有少量的結合。處理組(Treat):H3K7Ac(3號組蛋白7號賴氨酸位點乙?;揎椀鞍祝┡c目的基因啟動子調控區域A、B、C、D、E、F、G、H、I均有結合,且與A、B、C、G、H、I區域的結合經處理后明顯的大量提升,且與D、E區域的結合經處理后也有少量提升。

    ChIP model figure D

          

          Supplement:

          A 預實驗:WB檢測轉錄因子在細胞核內表達

    ChIP model figure S.A


          B 細胞核抽提物被經過超聲波打斷或核酸酶酶解后DNA電泳,表示基因組DNA被打斷成500bp左右的片段,方便后續的免疫共沉淀實驗。

    ChIP model figure S.B


          C ChIP-qPCR實驗后,體系內的DNA片段擴增物進行DNA電泳,檢測qPCR擴增產物是否和設計相符,以及檢測是否有引物二聚體產生影響實驗。

    ChIP model figure S.C

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