3D基因組之ChIP-seq

基因組的三維立體結構的主要組成是DNA和蛋白質。研究基因組的三維立體結構就是研究DNA與蛋白之間的互作。ChIP一直是研究蛋白與DNA互作的重要方法。他可以顯示眾多調節蛋白在基因組上的分布。下表是生物體內常見的幾種DNA調節蛋白。

Histone是核小體的基本組成蛋白，核小體是染色質的基本組成單位。組蛋白的修飾（如：甲基化，乙?；?，磷酸化等）使核小體在DNA上發生移動，改變核小體的位置。這使得特定的組蛋白修飾代表特定的生物學特征。例如H3K27ac代表激活型啟動子區域，H3K27me3代表抑制型啟動子區域，等等。

除了組蛋白外，還有一類重要的調控元件-轉錄因子來調節染色質的結構和功能，然而，轉錄因子要與RNA聚合酶II互作，才可以調控基因表達。

CTCF是一類重要的絕緣子蛋白，與RAD21蛋白形成穩定的3維立體結構區域，維持染色質的正常形態。

另外，您需要根據目的基因的表達情況選擇相應的ChIP組合方式。

ChIP-seq數據分析

ChIP-seq的數據呈現形式是多種多樣的。但主要以3種形式出現在文章中。

1.最常見的peak圖

2.研究轉錄起始位點的TSS距離分布圖，可以清楚的觀察到TSS位點處，多種蛋白的分布情況。

3.比較直觀的熱圖，可以清楚的看出同一DNA區域，不同蛋白的分布情況，以及同一蛋白在不同DNA區域的分布情況。

• 1 . 3D模型驗證技術
• 2 . 3D基因組之Hi-C技術
• 3 . 3D基因組之ChIP-seq